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Données importantes contre les coronavirus

Données importantes contre les coronavirus 1

L’alerte internationale aux coronavirus, la rapidité de la contagion et la situation de stress que le COVID-19 est en mesure d’apporter aux services de santé exigent un effort collectif dans le la recherche scientifique. De cette nécessité découle l’effort commun que Intel, Lenovo et BGI Génomique ont annoncé « d’accélérer l’analyse des caractéristiques génomiques du SRAS-CoV-2“.

De grandes données pour lutter contre le coronavirus

Le Coronavirus peut avoir un ennemi de plus que les épidémies du passé : la recherche scientifique. Lorsque la menace devient mondiale et que tous les grands groupes y sont associés, le contexte est en fait le meilleur pour favoriser la coopération dans la lutte contre l’ennemi commun.

La technologie qu’Intel et Lenovo fournissent à BGI comprend une grande grappe de calcul haute performance (HPC) pour traiter les combinaisons à parallélisme élevé du séquenceur DNBSEQ-T7 de BGI. Les chercheurs de BGI Genomics auront accès aux dernières technologies de calcul haute performance (HPC) et d’analyse génomique, ainsi qu’aux ressources et à l’expertise d’Intel et de Lenovo, pour accélérer encore leur recherche des caractéristiques génomiques du coronavirus. Cette technologie aide les scientifiques à étudier la virulence, les modes de transmission et les interactions entre l’hôte et l’agent pathogène, ce qui fournira des informations pour les études épidémiologiques et la création de vaccins. Ce travail est nécessaire pour créer de meilleures méthodes de diagnostic et pour concevoir un vaccin efficace ou d’autres mesures de protection, comme l’immunothérapie.

L’objectif est d’arriver à une connaissance du virus dans les plus brefs délais pour permettre la mise au point d’un protocole de diagnostic d’abord, puis d’un vaccin, afin que l’épidémie ne puisse pas évoluer et que les reflux grippaux prévisibles de la saison automnale puissent être limités. Les outils informatiques seront fondamentaux pour soutenir l’intelligence et la connaissance humaines dans cette voie : Intel et Lenovo deviennent deux ressources supplémentaires dont BGI Genomics dispose désormais pour accélérer l’analyse des données recueillies sur le terrain…aller là où la simple observation clinique ne peut mener à court terme.

Le traitement à effectuer sur les échantillons dont dispose le BGI implique l’analyse de données de l’ordre de pétabyteCe n’est pas compatible avec les outils traditionnels (ou du moins ce n’est pas compatible si le but est d’atteindre un résultat appréciable à la vitesse maximale) : les infrastructures HPC (High-Performance Computing) d’Intel et de Lenovo peuvent au contraire permettre de traiter les grandes données disponibles avec des performances à une échelle très différente, rendant ainsi possible ce qui serait autrement peu pratique.

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Robin Vigneron

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